他的散文文笔流畅清新，表现了醇厚、浪漫的情感，在平易中有着感人的力量。作品有散文集《莲花开落》、《冷月钟笛》、《温一壶月光下的酒》、《鸳鸯香炉》、《金色印象》、《白雪少年》《桃花心木》等。
林清玄的散文《水终有清澈的一天》
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水终有澄澈的一天 林清玄
在我童年居住的三合院，沿着屋檐滴水的沟槽下，摆了一排大水缸。
水缸有半人高，缸口大到双手环抱，是为了接盛从屋顶上流下来的雨水。从前的乡下没有自来水，必须寻求各种水源，一方面凿井而饮；一方面到河边挑水灌溉；下雨天蓄在水缸里的水，则用来洗衣洗澡，这样不但可以惜福，还能减轻到河边挑水的负累。
刚下过雨的水缸是浑浊的，放一些明矾进去，等个两三天，水才会慢慢的澄清。
由于要让水澄清很难，需要很长时间；但使水浑浊却只要一下子，因此，妈妈严格规定我们不能去玩水缸的水。玩水的后果就是在水缸边罚站。
“不可以玩水缸的水。”不是我们家的规矩，乡下三合院的孩子全都知道这个教训。
但是，不玩自家的水，并不表示不玩别人家的水。
我们家正好在去中学必经的路上，每天有成千上百的孩子走过。有一些喜欢恶戏的孩子，路过的时候会突然的冲进院子，每个水缸都搅一下，然后呼啸地跑走。
这可恶的举动，使我们又愤慨，又紧张。为了防止水被弄浑，我们终日都坐在院子里，等待恶戏的孩子。
但是，我们又不可能整天坐在院子里，有时要上学，有时要工作，一旦稍有疏忽，孩子们就冲进来把水弄浑。
这使我们更陷入痛苦之中。
妈妈看我们被几缸水弄得心神不宁，就安慰我们：“你们的心比水缸的水还容易被弄混乱。那些恶作剧的孩子，你们愈在乎，他们就愈喜欢；如果不理他们，时间一久，就没什么好玩的了。你们各人去做该做的事，不要管水。水，终有澄清的一天。”我们听了妈妈的话，该上学的上学，该工作的工作，不再理会恶戏的孩子。他们很快就失去兴趣，水，也自然地澄清了。
“水终有澄清的一天！”妈妈的教诲，常常在我被误解、扭曲、诬陷的时刻，从水缸中浮现出来。我们的心像水一样容易被弄混乱，但在混乱之际，不需要过度的紧张与辩白，需要的是安静如实的生活。当我们的心清明，水缸的水自然就澄清了。
至今，我每次走过乡下的三合院，童年院子里的水缸历历在目，就会想到一个洁身自爱的人，心境就有如水缸里的水，来自天地，自然澄清。生命中的曲解无明，是一时一地的，智慧与情境的清明追求，却是生生世世的。
一秒钟的混乱，可能要三天才能清明，但只要我们一直迈向更高的境界，水，终有澄清的一天。